目前，在干細(xì)胞的基礎(chǔ)研究和臨床治療研究中，首要來源是自體干細(xì)胞。其次是異體干細(xì)胞，此外，還有經(jīng)過特殊培養(yǎng)的動物來源的干細(xì)胞等。所謂干細(xì)胞的內(nèi)源性污染，著重強調(diào)的是細(xì)胞自身所攜帶傳染性疾病以及遺傳性疾病的問題。內(nèi)源性污染的途徑及可能的危害。細(xì)胞自身所攜帶傳染性疾病在細(xì)胞的使用過程中，傳染性疾病的傳播是一個大家普遍關(guān)心的問題，其風(fēng)險程度和可能的傳播后果，會隨著細(xì)胞的來源、操作或培養(yǎng)方法以及是否采取適當(dāng)?shù)目刂拼胧┒胁煌?。例如，使用異體細(xì)胞而非自體細(xì)胞，可增加傳播傳染病的風(fēng)險，因為供體可能攜帶有受體易感的傳染病病原體。而即便是自體細(xì)胞,如果被HCMV等病毒所潛伏感染，體外培養(yǎng)過程中，適宜條件下病毒可能迅速復(fù)制擴增，在細(xì)胞回輸時發(fā)生感染。

    同時處于免疫抑制或免疫低下狀態(tài)的患者，體內(nèi)潛伏的病毒也會進一步活化，導(dǎo)致感染的發(fā)生。未知或罕見病原體的污染如豬來源的干細(xì)胞逆轉(zhuǎn)錄病毒的攜帶等。細(xì)胞自身所攜帶遺傳性疾病某些特殊的染色體隱性遺傳病的供體，由于其自身缺乏可供檢測的表型，可能會造成受體引入遺傳性疾病的風(fēng)險。外源性污染，外源性污染的來源外源性污染，通常是指外源性微生物污染，包括細(xì)菌、支原體、真菌和病毒污染等。